普通、完全な最初の設計はフレームワークの設計から着手すると思います。
完全に設計方法が自分の中で確立している人ならどちらからでもいいですが、
定まっていない場合は枠組みが出来て、その中で動く物を作っていくようにしないと見積もれないのではないかと思います。
設計する順番と言う意味では龍神録2プログラミングの館の紹介している順番がそれに近いかもしれません。
http://dixq.net/rp2/
順番に作らないと作れない物があります。
例えばプレイヤー位はジョイパッドの入力に応じて操作するのでしょうから、キー入力の制御モジュールを先に作る必要があります。
また、これらの画像を始めとするリソースを管理する仕組みも必要でしょう。
自分の中で作り方が完全に決まっていれば、まだ動かないコードを完全に動くことを想定して作ることができますが、
まだそうできないのであれば、無いと困るモジュールから作ること、つまり大きなものから作ることになると思います。