ここに書いてある事の通りの現象が起きているのではないかと推測。ちがっていたらごめんなさい。

「さくらのVPS(旧512)を1年間使ってきた感想 | Linuxブログ」
http://www.limemo.net/blog/2012/04/impr ... s-512.html

おぉ、近そうですね。
ただサーバー再起動しても直らない時があるので、原因は複数あるのかもしれません・・。