お久しぶりです。
あ、はい。生きてます。

WindowsとMacには通知をポップアップで出すGrowlというソフトが有ります。

が、Linuxには無いようで…。
代わりにlibnotifyというポップアップ通知を出すものがあるそうです。

Ubuntuではlibnotify-binパッケージに含まれる
notify-sendコマンドでポップアップを表示させることが出来るようです。
Gentoo Linuxではlibnotifyをemergeすれば良いらしいですね。

libnotifyパッケージをインストールしたあとに
$ notify-send title test
とすると
画面右端に

と出てきます。
-i imgurl：画像へのパス
-t showtime：表示時間指定(ミリ秒)
のようなオプションも指定できるようです。

D-Busは少し厄介なので手軽に通知制御できるのはいいですね。