Android NDKのeclipseについて

[黒船]

LinuxのAndroid NDKのeclipseでAndroidのゲームを作ろうと考えています。
同じディレクトリからeclipseを起動すると
普通に起動するのですが、
他のディレクトリから起動しようとすると、
すぐに終了します。
端末から起動すると

コア・プラグインを Javassist クラスパスへ追加に失敗しました。
java.lang.NullPointerException

と出てきました。
調べてみたのですが、
情報がつかめませんでした。
JAVAを習得していないので
何が起きているのかよくわかりません。
どなたか考えられる状況を教えてください。
ちなみに同じディレクトリで起動する場合と
他のディレクトリから起動する場合とでは
起動画面？みたいなのが違う気がします。
前者は普通のeclipseを起動している感じで、
後者はAndroidのロゴが入っています。
説明が下手ですが、よろしくおねがいします。