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数年前にゲームプログラミングの館を見ながらチマチマとプログラムを組んでみたことがあるのですが、
ライブラリは確かに便利なのですが、こんな機能がほしい！と思ったりしたときに関数がなかったり、
パズルを組み多々ているようで手作り感が薄い感じがします。
現在は物理を勉強しているのですが、将来は任天堂にグラフィック関連やプログラミングで入社できればと
考えています。そのため、できれば、自分で1からC言語やＤｉｒｅｃｔＸなんかを使ってライブラリを作成、プログラム
を組んでゲームを作っていきたいと考えているのですが、やはりライブラリでゲームを2～3作作ってからのほうが
いいのでしょうか？
また、おすすめの参考書やＷＥＢサイトを教えていただけると幸です。

任天堂のファン！ さんが書きました:数年前にゲームプログラミングの館を見ながらチマチマとプログラムを組んでみたことがあるのですが、
ライブラリは確かに便利なのですが、こんな機能がほしい！と思ったりしたときに関数がなかったり、
パズルを組み多々ているようで手作り感が薄い感じがします。
現在は物理を勉強しているのですが、将来は任天堂にグラフィック関連やプログラミングで入社できればと
考えています。そのため、できれば、自分で1からC言語やＤｉｒｅｃｔＸなんかを使ってライブラリを作成、プログラム
を組んでゲームを作っていきたいと考えているのですが、やはりライブラリでゲームを2～3作作ってからのほうが
いいのでしょうか？
また、おすすめの参考書やＷＥＢサイトを教えていただけると幸です。

結構覚えることがあるのでDirectXは大変で、ライブラリのほうがはるかに楽です。
ゲームAPIも扱いに慣れることに終始していては、いつまでたってもゲーム構築の力やゲームアルゴリズムの知識が育ちませんのでそこも問題となるでしょう。
あと言語の問題として、書こうと思えばほぼC言語の知識で書けるのですが世の中に出ている書籍やDirectXSDKのサンプルコードにはC++が使われていると言う問題もあります。
紹介する以下の本もC++前提となります。

「ノースブレインの書籍 ゲーム制作の本」
http://www.northbrain.org/book/book.htm
「ゲームプログラマになる前に覚えておきたい技術｜セガの新人教育カリキュラムから生まれたゲームプログラミング解説書！」
http://www.shuwasystem.co.jp/gpro-sp/

WindowsAPIやDirectXの複雑な内容に挑戦してみたくて、C++を勉強することを乗り越えられそうならDirectXに挑戦されてはどうでしょうか？
あるいは、C言語でも組めるOpenGLを使うという手もあります。
OpenGLはPS3（詳細は違います）でも使われているAPIですが、ネイティブなものを組むにはDirectXよりはやさしいと思います。