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最初にexeファイルを自分で作成します。
それを実行したら新たにexeが作成されるようにするにはどうしたらいいですか？

ちょっとわかりにくい質問かもしれませんが、ようは
ソフトをダウンロードしてきたときの
setup.exeというセットアップファイルを実行して
インストールが完了すると別にexeファイルが作成されて
それが本ソフトになると思うのですが、
どういう仕組みなのでしょうか？

setup.exeの中にコンパイラのプログラムが一緒に書かれているのでしょうか？

あま さんが書きました:最初にexeファイルを自分で作成します。
それを実行したら新たにexeが作成されるようにするにはどうしたらいいですか？

1.exeファイルが作成できる、圧縮ソフト(Lhaplus等)を使用して作成します。
2.自分でexeファイルを読み込んで、圧縮して、解凍できるように情報を追加してあげた、実行形式のファイルを出力させるプログラムを組む

どう考えても、1番が妥当でしょう。

あま さんが書きました: どういう仕組みなのでしょうか？
setup.exeの中にコンパイラのプログラムが一緒に書かれているのでしょうか？

簡単に言うとそれであってますが、生のデータを書くとなると、最初の実行ファイルよりも大きくなってしまいますので、圧縮したデータが書かれています。
そういったファイルは、自己解凍形式のファイルといいます。

あまさんは、コンパイラやexeファイルについて何か誤解されているような気がします。

コンパイラはソースを実行可能なexeファイルに変換するためのプログラムです。

いわゆるセットアップファイルは既にコンパイルされたexeファイルを圧縮して内部に含んでいて、
実行されるとそのデータを抽出して解凍し出力しているだけです。