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DrawCapsule3Dなどで描いたカプセルと、球との当たり判定を処理したいです。球はキーボードで移動させます。
球の位置情報とカプセルの位置情報を比べるとできると思うのですが、カプセルの数が多くなると処理が重くなると思います。なにかいいアイディアはありませんか？

総当りが基本ですから重くなりますよね。
ただ、なるべく単純な予備当たり判定で当たる可能性のある距離にある事を判定しておいてから正確に当たり判定するって手は使えます。
両方も球だと想定すれば当たり判定はシンプルに済むと思いますが、どうでしょうか。

空間をいくつかの固定の大きさに分割して、あるカプセルがそれらの空間のどこに所属しているか（複数の空間に所属することもありえる）というのを保持しておいて、ある1つの空間内に所属しているもの同士だけをチェックすることで計算量を減らすという方法もありますね。

回答ありがとうございます。
空間をつくってみます。がんばる！！