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本家をみてリソースをいじり実行用のexeのアイコンなどを変えることは出来ました。
ただしウインドウの左上のアイコンは変わってくれませんでした。

調べてみるとint SetWindowIconID( int ID ) ;という関数でできるということまでわかりました。
ただresource.hというものが自動的に作られると書いてあるのですがそのようなものは作られておりません。
Resource.rcは自分で作り
MAINICON ICON "icon.ico"
としか書いてありません。

どの様にすればアイコンを変えられるでしょうか？

私が調べたところ、SetWindowIconID関数の引数にはあなたが使いたいアイコンの
リソースIDというものを指定するそうです。

あなたの開発環境がVisualC++ExpressEditionの場合は
Resource.hというファイルは自動生成されません。
しかも、リソースIDは通常Resource.hで定義されるので、
自分でファイルを作成してリソースIDを設定するしかありません。
Resource.hの作り方とリソースIDの設定のしかたを以下に示します。

まずはResource.hというファイルを作成し、
以下の一行を書きこみます。

#define MAINICON 101

これでリソースIDが101に設定されます。
そしてresource.rcの先頭と全てのソースファイルの先頭に
次の一行を加えます。

#include "Resource.h"

あとはSetWindowIconID関数の引数にMAINICONを指定すれば
ウィンドウのアイコンを変えられるはずです。

今後Resource.rcに他のリソースを入れるときには、
そのリソースに対しても同じようにリソースIDを設定してください。