配列は普通に2次元のデータで良いと思います。
↓こんな感じです。
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int panel[12][6];
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で、Y座標がドット単位でずり上がってくるのは描画の方でやってると思います。
（配列の中には、何色のパネルか？という情報だけ入れる）
例えば、パネルを単純に描画する関数を下記の様にします。
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for(int i = 0; i < 12; i++){
for(int j = 0; j < 6; j++){
DrawGraph( j*32 , i*32 , Handle, TRUE ) ;
}
}
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このままだと固定的な表示しか出来ないので、表示位置を変えるために
適当な変数を用意して、その変数を変えていきます。
（パネル一個は32×32ドットとします）
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for(int i = 0; i < 12; i++){
for(int j = 0; j < 6; j++){
DrawGraph( j*32, i*32
+ DifY, Handle, TRUE ) ;
}
}
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DifYを 0 → -1 → -2 //中略// → -32 と言う風に変化させてやれば、
下からずり上がっているように見えると思います。
で、DifYが パネル一個分（32ドット）上昇したら、
その時に内部の2次元配列の値も1つずつ上にずらせばよいかな、と思います。
