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初心者なもんでくだらない質問ですいません。
配列の場合、例えばint型で
a[0]=3
a[1]=5
のように一つの変数にたいして一つの値を代入することができますが、
(1,3),(6,8),(12,9)のように二つの異なる値をペアとして代入できるものは存在しないのですか？

2次元配列にすればできますけど

int a[3][2];

a[0][0] = 1;
a[0][1] = 3;
a[1][0] = 6;
a[1][1] = 8;
a[2][0] = 12;
a[2][1] = 9;

構造体を使う手もあります。
struct data_t {
int d1;
int d2;
};
struct data_t a[3] = {
{1,3},
{6,8},
{12,9}
};

STLのstd::mapを使うのも手ですね。