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言語はC++で、visual studioでcsvファイルを読み込んで変数に格納するプログラムを組んだのですが、デバックした時はしっかり動くもののexeファイルを開くとcsvファイルにないありえない値を表示されるのですがexeにした時にきちんと読み込ませることは出来ないのでしょうか？

できるはずです。
読み込もうとしているファイル名が正しいか、exeファイルを適切なワーキングディレクトリで実行しているかを確認してください。