vb.net→exeファイル実行の挙動

[にこ]

こんにちは。この掲示板が適切かわかりませんが、
もしよろしければご回答をお願いします。

今、vb.netとC++を組み合わせてwebアプリを作成しています。
アプリの構成とフローを簡単に述べると下のようになります。
（既存にあったアプリ（A→B.exe）にC.exeを連携させたものが今回作成するものです。）

【開発環境】
OS　：　win7 pro 32bit
IDE　：　visual studio 2015 community

【構成】
A : webアプリ(VB)
　(1)B.exeを起動させます
B ： バックエンド処理をするexeファイル(VB)
　(2)処理中はフォームが立ち上がっています
　(5)C.exeを起動後、Cの終了を感知し、C.exeで生成されたテキストファイルをDBに書込みます
C : 特殊な処理をするexeファイル(C++)
　(3)処理結果をコンソール表示しpauseします。
　(4)pause終了後、表示結果をテキストファイルに書き込みます

【フロー】
A→B.exe→C.exe→B.exe

【現在のトラブル】
B.exe→C.exeの起動は問題なく動作します。
しかし、A→B.exe→C.exeでCを起動するとコンソールに処理結果が表示されるものの、
pauseせずコンソールが落ちてしまいます。
そのため、上記(4),（5）の処理が行われないといった状況です。
Aから処理をすると正常に動作しない理由を調査しましたが、私の力では限界でした。

もし、上記の現象について何か知見がありましたらお願いします。

[metaphor]

Windows10 IISでVB,C#,Perl,C言語でWebアプリケーションを作って動かしています。.aspxの内容とかを具体的に提示して頂かないと抽象的過ぎて。作っている側では当然分かっていても他人にわかる内容ではない気がします。