プログラマ専用SNS ミクプラ

C言語に関して質問です、（初めにかなり抽象的な質問内容になってしまうのですがご了承ください）

現在genwearと言うグラフィックエディターを用いてphotoshopで作成したデータを取り込み、Cソースコードを自動生成しeclipse”総合開発環境”にてビルドを行い既存のソースコードに組み込むという一連の作業を行っているのですが、その際genwearで作成したコードと既存のコード間で重複することがあり何度も繰り返し行うとゴミがどんどん増える状態でして現在は元データとgenwearにて自動生成したコードを比較して手動で削除しているのですが、ビルド中に重複条件が当てはまったら新しい方のソースコードを削除、既存のコードを残し反映させず重複条件から外れたらソースを上書きするといったようなコードなど又はやり方がありましたらご教示頂きたいのですが可能でしょうか？
希望としては既存のプロジェクト内に新たなフォルダを作成しそこにコードを作成しビルド中に実行させることができたら嬉しいのですが。勿論既存のソースの構成などを見なければしっかりとはわからないと思いますが一般的な重複条件を判別するコードでも構いません知識をを貸しくださいませ宜しくお願いします。
このスレには天才がいると伺いましたので期待していますどうか閲覧しておりましたら知識をご教示くださいませ＞＜

genwareというのは GENWARE のことでしょうか。

コード自動生成ソフトウェアは，通常は，自動生成コードは変更されず，変更した場合は再生成時に変更内容は破棄されることが前提で作られています。
根本的な疑問として，自動生成コードに手を加えずに修正や拡張は出来ないのですか。 あと，上記のソフトであれば，定価の20%で保守契約を結ぶことにより，技術サポートを受けられるようです。
元々，最低でも¥250kする上に少なくともこの掲示板の回答者層と上記ソフトの利用者層がずれている以上，正規のサポートを受けるのがよいかと思います。
上記ソフトの利用者がいても契約にNDAが含まれている可能性もあり，その場合は知っていても書けない，となりますが。