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まず投稿前に規約をお読みになり、コードはタグを使い、トピには題名をつけて下さいね。

コードは変数名が重複している部分が多いですね。
ある変数をセットで使うなら構造体が便利です。
もし構造体についてご存じなければググって下さい。

コードはなるべく変えないように修正しました。
sum0, sum1, sum2は配列にして3回ループにすればさらに省けますね。


#include<stdio.h> 
#include<string.h> 
#include<math.h> 

/* 登録人数最大数 */
#define N 50

/* 生徒のスコアデータ */
typedef struct{
    int        SubScore[3];    //教科別スコア
    char    Name[64];        //名前
    double    Average;        //平均
}StudentData_t;

/* 教科別スコアデータ */
typedef struct{
    char    Name[12];        //教科名
    double    Average;        //平均
    double    StdDev;            //標準偏差
}SubScoreData_t;

int main(){
    int n=0, i , s; 
    int sum;
    double sum0, sum1, sum2;
    double Val, SubSum;
    StudentData_t    StudentData[N]    ={0,};
    SubScoreData_t    SubScoreData[3]    ={0,};

	/* 名前代入 */
    strcpy(SubScoreData[0].Name, "English");
    strcpy(SubScoreData[1].Name, "Japanese");
    strcpy(SubScoreData[2].Name, "Math");

	/* 初期化 */
    sum0 = sum1 = sum2 = 0;

	/* 代入しながらループ */
    while( scanf("%s %d %d %d", 
        StudentData[n].Name, 
        &StudentData[n].SubScore[0], 
        &StudentData[n].SubScore[1], 
        &StudentData[n].SubScore[2]    ) != EOF )
    {
		/* 3教科の合計 */
        sum = StudentData[n].SubScore[0] + StudentData[n].SubScore[1] + StudentData[n].SubScore[2];
		/* 各教科のスコアの加算 */
        sum0 += StudentData[n].SubScore[0]; 
        sum1 += StudentData[n].SubScore[1]; 
        sum2 += StudentData[n].SubScore[2]; 

        printf("name , sum : %-12s %4d\n", StudentData[n].Name, sum); 
        n++ ; 
    } 

	/* 平均の計算 */
    SubScoreData[0].Average = sum0 / n; 
    SubScoreData[1].Average = sum1 / n; 
    SubScoreData[2].Average = sum2 / n; 

	/* 3教科分ループ */
    for(s=0; s<3; s++)
    {
		/* 人数分ループ */
        for(SubSum=0,i=0; i<n; i++) 
        { 
            SubSum += (StudentData.SubScore - SubScoreData.Average)
                      * (StudentData.SubScore - SubScoreData.Average) ; 
        } 
        Val = SubSum / n ; 
        SubScoreData.StdDev = sqrt(Val); 
        printf("%s\naverage = %.2f\nstandard deviation = %.2f\n\n",
        SubScoreData.Name, SubScoreData.Average, SubScoreData.StdDev); 
    }

    return 0;
}

int kyouka;

for (kyouka = 0; kyouka < 3; kyouka++) {
    // 標準偏差の計算を行う
}

void show_ave_sdiv( const int* points, int n, const char* coursename ){
    double ave, pt, ssum, sdiv;
    int i,sum;

    for(i = 0;i < n;++i){
        sum += points;
    }

    ave = sum / (double)n;

    for(i = 0,ssum = 0;i < n;++i){
        pt = points - ave;
        ssum += pt*pt;
    }

    sdiv = sqrt(ssum / n);

    printf("%s\naverage = %.2f\nstandard deviation = %.2f\n\n",coursename,ave,sdiv);
}

#include<stdio.h>
#include<math.h>
#define N 5

/* プロトタイプ宣言 */
int calcSum(int eng, int jap, int math);
double calcAvg(int* score, int count);
double calcStandardDeviation(int *score, int count);

/* メイン関数 */
int main() 
{
	char name[N][12];
	int eng[N], jap[N], math[N], i;

	for (i = 0; i < N; ++i)
	{
		/* 文字列の入力 */
		scanf("%s %d %d %d", name, &eng, &jap, &math);
		
		/* 入力データと合計値の表示 */
		printf("name , sum : %-12s %4d\n\n", name, calcSum(eng, jap, math));
	}

	/* 計算結果の表示 */
	printf("English\naverage = %.2f\nstandard deviation = %.2f\n\n", calcAvg(eng, i), calcStandardDeviation(eng, i));
	printf("Japanese\naverage = %.2f\nstandard deviation = %.2f\n\n", calcAvg(jap, i), calcStandardDeviation(jap, i));
	printf("Math\naverage = %.2f\nstandard deviation = %.2f\n\n", calcAvg(math, i), calcStandardDeviation(math, i));

	return 0;
} 

/* ３教科の合計値の計算 */
int calcSum(int eng, int jap, int math)
{
	return eng + jap + math;
}

/* 平均値の計算 */
double calcAvg(int* score, int count)
{
	int i, sum = 0;

	for (i = 0; i < count; ++i)
	{
		sum += *(score + i);
	}

	return (double)(sum) / (double)(count);
}

/* 標準偏差の計算 */
double calcStandardDeviation(int *score, int count)
{
	int i;
	double sum = 0.0, avg = calcAvg(score, count);

	for (i = 0; i < count; ++i)
	{
		sum += pow(*(score + i) - avg, 2.0);
	}

	return sqrt(sum / (double)count);
}

double StandardDeviation(int n,int ten[/url],double ave)
{
	double sd=0;
	int i;
	for(i=0; i<n; i++) { 
		sd += (ten-ave)*(ten-ave); 
	} 
	sd = sqrt(sd/n);
	return sd;
}