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それは「ソート」というアルゴリズムを使って並び替えをすればいいと思います。
各変数は構造体で扱いたいところですが、習っていなければまぁ配列でも出来ます。

ソートのアルゴリズムには色んなものがあります。
単純ソート、
バブルソート、
基数ソート、
ヒープソート、
クイックソート、
マージソート、、、。
その中で単純ソートが最も簡単ですので、今回はこれを使ってみましょう。
興味があれば他のソートの方法も調べてみて下さい。

単純ソートの参考にこちらを見て下さい
http://lecture.ecc.u-tokyo.ac.jp/~cichi ... -12-1.html

並び替えを行うと順番はぐちゃぐちゃになってしまうので、
順番の情報つまり、各情報にIDをつけてからソートすればいいと思います。

そこで

int score[10], id[10]

の２つを用意しました。
並び替えの途中、値を交換する時は、このID情報も交換しています。
下を見て下さい。

#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<time.h>

/* 受け取った２つの値を交換する関数 */
void swap(int *a, int *b){
	int t = *b;
	*b = *a;
	*a = t;
}

int main(void){
	int i, j;
	int score[10],id[10];

	srand((unsigned)time(NULL));

	printf("-- ソート前 --\n");
	for(i=0; i<10; i++){
		score = rand()%100;//適当な値を入れる
		id = i;//最初の昇順番号をIDとして入れる
		printf("[%2d] : %d\n", id, score);
	}
	printf("--------------\n");
	
	/* ソート開始 */
	for(i=0; i<10-1; i++){
		for(j=i+1; j<10; j++){
			if (score < score[j]) {
				swap(&score , &score[j]);//値の交換				
				swap(&id , &id[j]);//値の交換
			}
		}
	}
	/* ソート終了 */
	
	printf("-- ソート後 --\n");
	for(i=0; i<10; i++){
		printf("[%2d] : %d\n", id, score);
	}
	printf("--------------\n");
	
	return 0;
}

実行結果

-- ソート前 --
[ 0] : 28
[ 1] : 84
[ 2] : 78
[ 3] : 96
[ 4] : 14
[ 5] : 46
[ 6] : 27
[ 7] : 57
[ 8] : 97
[ 9] : 5
--------------
-- ソート後 --
[ 8] : 97
[ 3] : 96
[ 1] : 84
[ 2] : 78
[ 7] : 57
[ 5] : 46
[ 0] : 28
[ 6] : 27
[ 4] : 14
[ 9] : 5
--------------

ソート後に表示された左側がIDです。
ソート前の値と見比べてみて下さい。
IDに対するスコアの値の関係は同じです。
こうすることでIDと順位が計算できるのではないでしょうか。

#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<time.h>

/* 受け取った２つの値を交換する関数 */
void swap(int *a, int *b){
	int t = *b;
	*b = *a;
	*a = t;
}

int main(void){
	int i, j;
	int score[10],id[10];

	srand((unsigned)time(NULL));

	printf("-- ソート前 --\n");
	for(i=0; i<10; i++){
		score = rand()%100;//適当な値を入れる
		id = i;//最初の昇順番号をIDとして入れる
		printf("[%2d] : %2d\n", id, score);
	}
	printf("--------------\n");
	
	/* ソート開始 */
	for(i=0; i<10-1; i++){
		for(j=i+1; j<10; j++){
			if (score < score[j]) {
				swap(&score , &score[j]);//値の交換				
				swap(&id , &id[j]);//値の交換
			}
		}
	}
	/* ソート終了 */
	
	/*
	printf("-- ソート後 --\n");
	for(i=0; i<10; i++){
		printf("[%2d] : %d\n", id, score);
	}
	printf("--------------\n");
	*/
	printf("-- 順位発表！ --\n");
	for(i=0; i<10; i++){
		for(j=0 ; j<10 ; j++){
			if(i == id[j]){
				printf("[%2d] : %2d -> %2d位\n", id[j], score[j], j+1);
				break;
			}
		}
	}
	printf("----------------\n");
	
	return 0;
}	

実行結果

-- ソート前 --
[ 0] : 48
[ 1] : 20
[ 2] : 55
[ 3] : 35
[ 4] : 74
[ 5] : 63
[ 6] : 84
[ 7] : 75
[ 8] : 13
[ 9] : 93
--------------
-- 順位発表！ --
[ 0] : 48 ->  7位
[ 1] : 20 ->  9位
[ 2] : 55 ->  6位
[ 3] : 35 ->  8位
[ 4] : 74 ->  4位
[ 5] : 63 ->  5位
[ 6] : 84 ->  2位
[ 7] : 75 ->  3位
[ 8] : 13 -> 10位
[ 9] : 93 ->  1位
----------------

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <time.h>

#define RAND (101 * (rand() / (RAND_MAX + 1.0)))

void Init(int student[/url][2])
{
	int i, j;
	
	srand((unsigned)time(NULL));
	for(i = 0; i < 10; i ++){
		for(j = 0; j < 3; j ++) student[0] = RAND;
	}
}

void Sort(int student[/url][2], int rank[/url])
{
	int i, j;
	
	for(i = 0; i < 9; i ++){
		for(j = 9; j > i; j --){
			if(student[rank[j]][0] > student[rank[j - 1]][0]){
				int tmp = rank[j];
				rank[j] = rank[j - 1];
				rank[j - 1] = tmp;
			}
		}
	}
}

void Rank(int student[/url][2])
{
	int rank[10], i;
	
	for(i = 0; i < 10; i ++) rank = i;
	Sort(student, rank);
	student[rank[0]][1] = 1;
	for(i = 1; i < 10; i ++){
		if(student[rank][0] == student[rank][0]){
			student[rank][1] = student[rank][1];
		}
		else student[rank][1] = i + 1;
	}
}

void Print(int student[/url][2])
{
	int i;
	
	for(i = 0; i < 10; i ++) printf("%3d %3d\n", student[0], student[1]);
}

int main(void)
{
	int student[10][2];
	
	Init(student);
	Rank(student);
	Print(student);
	return 0;
}

>		total[MAX-1] += total;
>		if(jp>jpmax)
>		if(math>mathmax)
>		if(en>enmax)
>		if(jp<jpmin)
>		if(math<mathmin)
>		if(en<enmin)

足し込んだり、比較に使ったりする変数は、
事前にきちんと初期化しておきましょう。