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VC++2008EEです。
シェルAPI関数を使ってIEのお気に入りのなかにある階層のすべてのファイルを一覧する方法としてはどのような考え方が妥当でしょうか。

以下のように階層のみを意識して考え、親子関係は無視するようにしてみようと思います。

０番目の階層に含まれているフォルダを一覧する。
０階層めのフォルダの一覧とする。
０階層めのフォルダの一覧をひとつひとつバインドしてみて
子供のフォルダを取得していき１階層目として一覧する。このとき、単純に１階層目に単純に追加するだけで親子関係はとくに考えない。
１階層目の一覧をひとつひとつバインドしていきフォルダがあれば2階層目として単純にインクリメントして追加していく。親子関係はとくに考えない。２階層目のバインドがおわったら、３階層目を同様にくりかえしていく。すべてのフォルダのPIDLが取得できたら、最初からひとつづつバインドしていき、ファイルを取得していく。