プログラマ専用SNS ミクプラ

龍神録では、構造体の型が見てすぐわかるように似たような構造体もことあるごとに
全て個別に用意してあります。
例えば

typedef struct{
    int flag,cnt,knd;
    double x,y;
}A_t;

typedef struct{
    int flag,cnt;
    double x,y;
}B_t;

これらはほとんど同じなので、なるべく共通利用できる構造体の形にしてみてはどうでしょう。

また、配列は全て動的確保していません。敵、弾幕、弾・・。
これからリプレイ機能等を作りますが、これも最初からガッポリ大量に領域確保します。
これらを効率よく領域確保してやるといいかもしれません。
しかし弾幕の弾データについては、画面から消える・登録するごとに配列を確保、解放しては
余計に遅くなってしまう可能性があるので、その辺は単なる動的配列や線形リストに留まらず
必要になったら現在の1.5倍の領域を確保するなど、
工夫する必要があるかもしれません。

後、stageやcountなど、単体で存在する変数が存在しますが、
これらの変数を構造体に纏めてやるのもいいと思います。
変数が単体でグローバル変数として存在すると初期化ミスがあったりするので、
構造体でまとめてやったほうがいいかもしれません。