少しずつプログラムを削りながら確認してもらっていたのですが、最終的にDxLib_Init();が原因ではないか?という状況になりました。
以下はテストに使用したソースです。
#include "DxLib.h"
#include "windows.h"
bool ProcessLoop(){
if(ProcessMessage() != 0) return false;
if(ScreenFlip() != 0) return false;
if(ClearDrawScreen() != 0) return false;
return true;
}
int WINAPI WinMain(HINSTANCE,HINSTANCE,LPSTR,int){
SetGraphMode(400,240,32);
SetMainWindowText("");
ChangeWindowMode(true);
MessageBox(NULL,"【1】","",MB_OK);
DxLib_Init();
MessageBox(NULL,"【2】","",MB_OK);
SetAlwaysRunFlag(true);
SetDrawScreen(DX_SCREEN_BACK);
SetDrawMode(DX_DRAWMODE_BILINEAR);
MessageBox(NULL,"【3】","",MB_OK);
/*----------------------------------------------------------------------------------------------------*/
while(ProcessLoop()){
}
DxLib_End();
return 0;
}
上のソースになる少し前(状況は同じ)にログをいただいたので、そちらも貼っておきます。

情報があったら教えて下さい。