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ゲームで使用するアニメとエフェクト形式がいろいろありますが、どちらを使った方がいいですか？

ケースバイケースです。質問が具体的ではないので的確な答ではないかも知れませんが、どっちかだけで良いなんてことはまずないと思います。

今はシミュレーションRPGを作っています。
画像はPngを使用します。
音楽はoggを使用します。
アニメとエフェクトの種類はまだ決めてません。
一般的に使用される種類は何ですか？

y_wingさんが言う所のアニメとエフェクトはとは、それぞれ何を指しますか？
２Ｄならアニメもエフェクトもpngで作ることになるでしょう。
それとも違う意味で聞いていますでしょうか？
用語は略さずに書くか、具体的に書いて貰わないと誤解のもとになります。

思いついた事。
アニメ　動画のこと？　コマ割りされた画像データ？
エフェクト　動画編集時のエフェクト？　音の音響効果？　画面のエフェクトＣＧ？　効果音？　プログラム処理での画面エフェクト？

具体的に書かない質問、すみませんでした。
アニメは動画のことです（アニメopとアニメed)。
エフェクトは戦闘エフェクトと戦闘背景エフェクトと画面エフェクトとカットインです。
ゲームは2d+3d（世界地図と世界地図のエフェクトだけ）ゲームです。

ＤＸライブラリの場合は動画は、ogvはコーディック内蔵なので確実に再生可能です。avi、mpg、wmv、なども再生できますがインストールされているコーディック次第ではダメかもしれません。
「ＤＸライブラリ置き場　リファレンスページ」
http://homepage2.nifty.com/natupaji/DxL ... html#R14N1
それ以外として生でDirectXを使うなら自分で環境を整備して配布方法も考える必要があるんで、自分で考えてもらうしかありません。

CGエフェクトは、pngやらプログラムコードで自由に作ってください。つまり楽な方法はないので、がんばって自由に作ってねです。

はい、わかりました。
丁寧な回答とご指導ありがとうございます。

老婆心で書き込みますが作る前に色々用心しすぎている気がします。
作ってみないとわからないことも多いんで、とりあえず作り始めたほうが良いかと思います。
あと、最初に作ったものはどんなに用心しても途中で作り直しになります（しないと破綻します）ので、「一から作り直しぐらい平気さ」ぐらいのつもりで作らないと心が折れます。
もうひとつ、なんか想定規模が大きそうなのですが、最初は極端に小さなものを心がけてください量と規模に押しつぶされかねません。

コードと作業規模的に完成させるのが困難なもの。
ＲＰＧ、ＳＲＰＧ、ＳＬＧ、ＲＴＳ、MO/MMO系オンライン

はい、わかりました。
まず、いろいろ頑張ってつくってみます。
ご配慮ありがとうございます。