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現在、とあるサイトを見ながらＷｅｂＧＬの勉強をしています。

（ココ！）
http://wgld.org/d/webgl/w011.html

しかし上記のサイトでわからないところがあります。（ここではおそらくクリックしたら私が現在わからない「シェーダのコンパイルとリンク」という１１番目のテキストに飛ぶと思います）

そこで、私が悩んでいるのが、そのページの「ソースをコンパイルしてシェーダを生成」というところからです。

しかし、悩んでいるのはソースの意味がわからないとかではなく、このソースは書くのか書かないのか、また、書くならどこに書くのか？（その時＜Ｓｃｒｉｐｔ＞タグはどのように設定すればいいのかです。）

このページにも書いてある通り、「一連の流れ」を１つの関数にしてソースが載っています。

これはコンパイル、シェーダが生成されるまでを、ただ説明しただけなのでしょうか？
それともＨＴＭＬファイルのどこかに書かなければいけない事柄なのでしょうか？（書くならどこに＜Ｓｃｒｉｐｔ＞タグなどは？）

そこで混乱しています。

変な質問ですが教えてください。
よろしくお願いします。

シェーダーを使うならコンパイルの必要があります。
と言うよりWebGLでは使わないといけない様です。つまり、No8に書かれているとおりです。
「wgld.org | WebGL: シェーダの記述と基礎 |」
http://wgld.org/d/webgl/w008.html

ちなみに固定パイプラインやらシェーダって何か分かっていますか？

【追記】
他の情報を探していないような気がするので別のリンクやWebGL用のライブラリなどを紹介しておきます。

「The Lessons - Hack The WebGL (WebGL勉強会)」
https://sites.google.com/site/hackthewe ... he-lessons

「多彩な表現力のWebGLを扱いやすくする「Three.js」（1/5）- ＠IT」
http://www.atmarkit.co.jp/fwcr/design/b ... 05/01.html

【さらに追記】
>しかし、悩んでいるのはソースの意味がわからないとかではなく、このソースは書くのか書かないのか、また、書くならどこに書くのか？（その時＜Ｓｃｒｉｐｔ＞タグはどのように設定すればいいのかです。）

それについてはNo.11で説明されていますね。
最初のほうでシェーダーソースもHTMLに書かれています。

>これはコンパイル、シェーダが生成されるまでを、ただ説明しただけなのでしょうか？
「ソースをコンパイルしてシェーダを生成」でコンパイル方法も書かかれています。