画面回転後にView設定が適用できない。

[spaaaark・∀・]

Androidにおいて、現在アプリを製作中の物です。
Preferenceで設定したフラグを用いてradioButtonの有効/無効を決定するプログラムを書いていたのですが、
最初は期待通りの動作をするもの、一度画面を回転させてからこれらの機能が聞かなくなってしまいます。
具体的には以下の画像のような感じです。左が回転前、右が回転後となります。
[album]929[/album]　　　　　[album]930[/album]

また、記述したプログラムを以下に示します。このプログラムは別のActivityで実装した機能を再利用するため、
当該Activityを継承して利用するようなスタイルになっています。

コード:

package spark.sin.virtualtripv2;

import android.app.FragmentTransaction;
import android.content.Intent;
import android.content.SharedPreferences;
import android.content.res.Configuration;
import android.graphics.Point;
import android.preference.PreferenceManager;
import android.preference.SwitchPreference;
import android.support.v4.app.FragmentActivity;
import android.os.Bundle;
import android.support.v7.internal.view.menu.MenuBuilder;
import android.util.Log;
import android.view.Display;
import android.view.LayoutInflater;
import android.view.Menu;
import android.view.MenuItem;
import android.view.View;
import android.view.ViewGroup;
import android.view.WindowManager;
import android.view.animation.Animation;
import android.view.animation.DecelerateInterpolator;
import android.view.animation.TranslateAnimation;
import android.widget.Button;
import android.widget.EditText;
import android.widget.FrameLayout;
import android.widget.RadioButton;
import android.widget.RadioGroup;
import android.widget.TextView;

import com.google.android.gms.maps.GoogleMap;
import com.google.android.gms.maps.SupportMapFragment;
import com.google.android.gms.maps.model.LatLng;
import com.google.android.gms.maps.model.Marker;
import com.google.android.gms.maps.model.MarkerOptions;

public class SelectMapActivity extends MapPreferencePointActivity {
// すでに長押しで位置情報が取れるマップビュー(Map要素すら親が持っている)

    private boolean mIsFirstCreate = true;
    final int destWidth = 0;
    final int destHeight = 1;
    final int preferenceCode = 1024;

    private int getID(int ID){
        return getResources().getInteger(ID);
    }
    private String getStringFromID(int ID){ return getResources().getString(ID); }

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState){
        super.onCreate(savedInstanceState); // マップ生成の他にもいろいろな機能を実装する。

        if(mIsFirstCreate) {
            if(savedInstanceState == null) startPreference();
        }

        /* その他フラグメントのコミット */{
            android.support.v4.app.FragmentTransaction transaction = getSupportFragmentManager().beginTransaction();
            //transaction.add(getID(R.integer.conditionFragmentID), conditionFragment);
            transaction.add(R.id.MapPreferenceLayout, new SetMiniPreferenceFragment());
            //transaction.add(getID(R.integer.posListUpFragmentID), posListUpFragment);
            transaction.commit();
        }

        // マーカークリック時の動作を上書き(できる?) -> 見た感じ無名クラスらしい
        mMap.setOnMarkerClickListener(new GoogleMap.OnMarkerClickListener() {
            @Override
            public boolean onMarkerClick(Marker marker) {
                // Fragmentの更新・アニメーション
                return true;
            }
        });
    }

    @Override
    public void onWindowFocusChanged(boolean hasFocus) {
        super.onWindowFocusChanged(hasFocus);
        /* Fragmentの初期位置設定 */{
            Point pt = getViewSize((FrameLayout) findViewById(R.id.SelectMapBaseFrame));
            // 縦横判定
            FrameLayout view = (FrameLayout)findViewById(R.id.MapPreferenceLayout);
            if(pt.y >= pt.x){
                // 縦(相対指定)
                view.setTranslationY(-pt.y / 2.0f);
            } else {
                // 横
                view.setTranslationX(-pt.x / 2.0f);
            }
        }

        // マップを移動させたら設定画面は隠す
        mMap.setOnMapClickListener(new GoogleMap.OnMapClickListener() {
            @Override
            public void onMapClick(LatLng latLng) {
                Point fieldSize = getViewSize(findViewById(R.id.SelectMapBaseFrame));
                Point contentSize = getViewSize(findViewById(R.id.MapPreferenceLayout));
                if(!findViewById(R.id.buttonCondSubmit).isEnabled()) return;
                Animation animation = setFragmentAnimation(destHeight,-contentSize.y/2.0f, false, destWidth,-contentSize.x/2.0f, false);
                final View view = findViewById(R.id.MapPreferenceLayout);
                animation.setAnimationListener(new Animation.AnimationListener() {
                    @Override
                    public void onAnimationStart(Animation animation) {}
                    @Override
                    public void onAnimationEnd(Animation animation) {
                        AllViewEnableSetting.SetAllFlags((ViewGroup)view, false);
                        View mapView = findViewById(R.id.MapViewLayout);
                        mapView.bringToFront();
                    }
                    @Override
                    public void onAnimationRepeat(Animation animation) {}
                });
                view.startAnimation(animation);
            }
        });

    }

    @Override
    public boolean onCreateOptionsMenu(Menu menu){
        getMenuInflater().inflate(R.menu.menu_select_map, menu);
        return true;
    }

    @Override
    public boolean onOptionsItemSelected(MenuItem item){
        int id = item.getItemId();
        if(id == R.id.MapSelect_GetDetailSetting){
            if(findViewById(R.id.buttonCondSubmit).isEnabled()) return true;
            Point fieldSize = getViewSize(findViewById(R.id.SelectMapBaseFrame));
            Point contentSize = getViewSize(findViewById(R.id.MapPreferenceLayout));
            Animation animation = setFragmentAnimation(destHeight,contentSize.y/2.0f,true , destWidth, contentSize.x/2.0f, true);
            final View view = findViewById(R.id.MapPreferenceLayout);
            animation.setAnimationListener(new Animation.AnimationListener() {
                @Override
                public void onAnimationStart(Animation animation) {
                    view.bringToFront();
                    AllViewEnableSetting.SetAllFlags((ViewGroup)view, true);
                    CheckMiniPreferenceButtonEnable(false);
                }
                @Override
                public void onAnimationEnd(Animation animation) {}
                @Override
                public void onAnimationRepeat(Animation animation) {}
            });
            view.startAnimation(animation);
        }if(id == R.id.setting){
            startPreference();
        }
        return super.onOptionsItemSelected(item);
    }

    private Point getViewSize(View view){
        Point ans = new Point();
        ans.x = view.getWidth();
        ans.y = view.getHeight();
        return ans;
    }

    private Point getViewPos(View view){
        int[] Pos = {-1, -1};
        view.getLocationInWindow(Pos);
        Point ans = new Point();
        ans.x = Pos[0]; ans.y = Pos[1];
        return ans;
    }

    private Animation setFragmentAnimation(int hDest, float hMovement, boolean isHReverse,int wDest, float wMovement, boolean isWReverse){
        // リスナは後で各自定義する
        Point fieldSize = getViewSize(findViewById(R.id.SelectMapBaseFrame));
        Point contentSize = getViewSize(findViewById(R.id.MapPreferenceLayout));
        final boolean isWide = fieldSize.x > fieldSize.y;
        TranslateAnimationBuilder builder = new TranslateAnimationBuilder();
        float[] trans = {0,0,0,0};
        final int dest = isWide ? wDest : hDest;
        final float movement = isWide ? wMovement : hMovement;
        switch(dest) {
            case destWidth:
                if(isHReverse) {
                    trans[0] -= movement;
                } else {
                    trans[1] += movement;
                }
                break;
            case destHeight:
                if(isHReverse) {
                    trans[2] -= movement;
                } else {
                    trans[3] += movement;
                }
                break;
        }
        int[] mode = {Animation.RELATIVE_TO_SELF,Animation.RELATIVE_TO_SELF,
                Animation.RELATIVE_TO_SELF,Animation.RELATIVE_TO_SELF};
        builder.setPosition(trans);
        builder.setType(mode);
        builder.setOption(500, new DecelerateInterpolator(), false);
        return builder.export();
    }

    public void CheckMiniPreferenceButtonEnable(boolean isFirst){
        SharedPreferences prefs = PreferenceManager.getDefaultSharedPreferences(getApplicationContext());
        if(prefs.getBoolean( getStringFromID(R.string.selPre_isConstTime), false) ){
            final Integer Val = new Integer(
                    prefs.getString( getStringFromID(R.string.selPre_getConstTime), null ));
            ViewGroup group = (ViewGroup)findViewById(R.id.timeRadioGroup);
            AllViewEnableSetting.SetAllFlags(group, false);
            if(Val != null) {
                RadioGroup radioGroup = (RadioGroup)findViewById(R.id.timeRadioGroup);
                radioGroup.check(radioGroup.getChildAt(Val).getId());
            }
        }
        if(prefs.getBoolean( getStringFromID(R.string.selPre_isConstWeather), false) ){
            final Integer Val = new Integer(
                    prefs.getString( getStringFromID(R.string.selPre_getConstWeather), null ));
            ViewGroup group = (ViewGroup)findViewById(R.id.weatherRadioGroup);
            AllViewEnableSetting.SetAllFlags(group, false);
            if(Val != null) {
                RadioGroup radioGroup = (RadioGroup)findViewById(R.id.weatherRadioGroup);
                radioGroup.check(radioGroup.getChildAt(Val).getId());
            }
        }
        if(prefs.getBoolean( getStringFromID(R.string.selPre_isConstGenre), false) ){
            final String Val = prefs.getString(getStringFromID(R.string.selPre_getConstGenre), "");
            EditText view1 = (EditText)findViewById(R.id.GenreInputView);
            view1.setText(Val);
            view1.setEnabled(false);
        }

        Button button = (Button)findViewById(R.id.gotoPrevPlace);
        button.setEnabled(isFirst);
    }

    @Override
    protected void onActivityResult(int requestCode, int resultCode, Intent intent) {
        if (requestCode == preferenceCode) {
            if (!findViewById(R.id.buttonCondSubmit).isEnabled()) {
                Point contentSize = getViewSize(findViewById(R.id.MapPreferenceLayout));
                Animation animation = setFragmentAnimation(destHeight, contentSize.y / 2.0f, true, destWidth, contentSize.x / 2.0f, true);
                final View view = findViewById(R.id.MapPreferenceLayout);
                animation.setAnimationListener(new Animation.AnimationListener() {
                    @Override
                    public void onAnimationStart(Animation animation) {
                        view.bringToFront();
                        AllViewEnableSetting.SetAllFlags((ViewGroup) view, true);
                        CheckMiniPreferenceButtonEnable(false);
                    }

                    @Override
                    public void onAnimationEnd(Animation animation) {}

                    @Override
                    public void onAnimationRepeat(Animation animation) {}
                });
                view.startAnimation(animation);
            }
            CheckMiniPreferenceButtonEnable(false);
            super.onActivityResult(requestCode, resultCode, intent);
        }
    }

    private void startPreference(){
        Intent intent = new Intent(getApplicationContext(), SetMapPreferenceActivity.class);
        startActivityForResult(intent, preferenceCode);
        mIsFirstCreate = false;
    }
}

そのほか関連しそうなコードを下記に示します。JavaはAllViewEnableSetting.SetAllFlagsメソッドについて、
xmlはビューに表れているボタンなどのリソース定義(上から縦・横)です。これらはFragmentとしてビューに貼りつけています。

コード:

package spark.sin.virtualtripv2;

import android.util.Log;
import android.view.View;
import android.view.ViewGroup;

/**
 * Created by *** on 2015/03/14.
 */
public class AllViewEnableSetting {
    public static void SetAllFlags(ViewGroup viewGroup, boolean isEnable){
        for(int i=0; i<viewGroup.getChildCount(); ++i){
            // superクラスではinstanceofはtrueとなる。
            if(viewGroup.getChildAt(i) instanceof ViewGroup) {
                Log.d("Enable", "Get ViewGroup");
                SetAllFlags((ViewGroup) viewGroup.getChildAt(i), isEnable);
            }
            View view = viewGroup.getChildAt(i);
            view.setEnabled(isEnable);
            Log.d("Enable", "View Change");
        }
    }
}

コード:

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<LinearLayout xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
    android:orientation="vertical" android:layout_width="match_parent"
    android:layout_height="match_parent"
    android:gravity="bottom">

    <LinearLayout
        android:orientation="vertical"
        android:layout_width="match_parent"
        android:layout_height="match_parent"
        android:layout_weight="1"></LinearLayout>

    <FrameLayout
        android:layout_width="fill_parent"
        android:layout_height="fill_parent"
        android:layout_weight="1">

        <Button
            android:layout_width="match_parent"
            android:layout_height="match_parent"
            android:id="@+id/Blank" />

        <LinearLayout
            android:orientation="vertical"
            android:layout_width="match_parent"
            android:layout_height="match_parent"
            android:layout_weight="1"
            android:background="#ffefefef">

            <TextView
                android:layout_width="wrap_content"
                android:layout_height="wrap_content"
                android:text="現在地:"
                android:id="@+id/textNowPosition"
                android:textSize="20sp"
                android:layout_gravity="center_horizontal"
                android:layout_marginBottom="8dp" />

            <LinearLayout
                android:orientation="horizontal"
                android:layout_width="match_parent"
                android:layout_height="match_parent"
                android:layout_marginLeft="8dp"
                android:layout_marginRight="8dp"
                android:layout_marginBottom="8dp"
                android:layout_weight="1">

                <TextView
                    android:layout_width="wrap_content"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:text="時刻"
                    android:id="@+id/textView3"
                    android:layout_gravity="center_vertical" />

                <RadioGroup
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:layout_width="wrap_content"
                    android:orientation="horizontal"
                    android:layout_weight="1"
                    android:id="@+id/timeRadioGroup"
                    android:layout_gravity="center_vertical">

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="朝"
                        android:id="@+id/timeMorning"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true"
                        android:checked="false" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="昼"
                        android:id="@+id/timeAfternoon"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true"
                        android:checked="true" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="夕方"
                        android:id="@+id/timeEvening"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true"
                        android:checked="false" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="夜"
                        android:id="@+id/timeNight"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true"
                        android:checked="false" />
                </RadioGroup>
            </LinearLayout>

            <LinearLayout
                android:orientation="horizontal"
                android:layout_width="match_parent"
                android:layout_height="match_parent"
                android:layout_marginLeft="8dp"
                android:layout_marginRight="8dp"
                android:layout_marginTop="0dp"
                android:layout_marginBottom="0dp"
                android:layout_weight="1">

                <TextView
                    android:layout_width="wrap_content"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:text="天候"
                    android:id="@+id/textView"
                    android:layout_gravity="center_vertical" />
                <RadioGroup android:layout_height="wrap_content"
                        android:layout_width="wrap_content" android:orientation="horizontal"
                    android:layout_weight="1"
                    android:id="@+id/weatherRadioGroup"
                    android:layout_gravity="center_vertical">
                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="晴れ"
                        android:id="@+id/weatherSunny"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true"
                        android:checked="true" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="曇り"
                        android:id="@+id/wheatherCloudy"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true"
                        android:checked="false" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="雨"
                        android:id="@+id/weatherRainy"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="雪"
                        android:id="@+id/weatherSnowy"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true" />
                </RadioGroup>

            </LinearLayout>

            <LinearLayout
                android:orientation="horizontal"
                android:layout_width="match_parent"
                android:layout_height="match_parent"
                android:layout_marginLeft="8dp"
                android:layout_marginRight="8dp"
                android:layout_weight="1">

                <TextView
                    android:layout_width="wrap_content"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:text="ジャンル"
                    android:id="@+id/textView2"
                    android:layout_gravity="center_vertical" />

                <EditText
                    android:layout_width="match_parent"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:id="@+id/GenreInputView" />
            </LinearLayout>

            <LinearLayout
                android:orientation="horizontal"
                android:layout_width="match_parent"
                android:layout_height="match_parent"
                android:layout_marginLeft="8dp"
                android:layout_marginRight="8dp"
                android:layout_weight="1">

                <Button
                    android:layout_width="match_parent"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:text="やっぱり前に戻る"
                    android:id="@+id/gotoPrevPlace"
                    android:layout_weight="1"
                    android:enabled="false" />

                <Button
                    android:layout_width="match_parent"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:text="検索!!"
                    android:id="@+id/buttonCondSubmit"
                    android:layout_weight="1" />
            </LinearLayout>

        </LinearLayout>

    </FrameLayout>

</LinearLayout>

コード:

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<LinearLayout xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
    android:orientation="horizontal" android:layout_width="match_parent"
    android:layout_height="match_parent">

    <LinearLayout
        android:orientation="vertical"
        android:layout_width="fill_parent"
        android:layout_height="fill_parent"
        android:layout_weight="1"></LinearLayout>

    <FrameLayout
        android:layout_width="match_parent"
        android:layout_height="fill_parent"
        android:layout_weight="1">

        <Button
            android:layout_width="match_parent"
            android:layout_height="match_parent"
            android:id="@+id/Blank" />

        <LinearLayout
            android:orientation="vertical"
            android:layout_width="fill_parent"
            android:layout_height="fill_parent"
            android:layout_weight="1"
            android:gravity="center_vertical"
            android:background="#ffefefef">

            <TextView
                android:layout_width="wrap_content"
                android:layout_height="wrap_content"
                android:text="現在地:"
                android:id="@+id/textNowPosition"
                android:textSize="20sp"
                android:layout_gravity="center_horizontal"
                android:layout_marginBottom="8dp" />

            <LinearLayout
                android:orientation="horizontal"
                android:layout_width="match_parent"
                android:layout_height="wrap_content"
                android:layout_marginLeft="8dp"
                android:layout_marginRight="8dp"
                android:layout_marginBottom="8dp">

                <TextView
                    android:layout_width="wrap_content"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:text="時刻"
                    android:id="@+id/textView3"
                    android:layout_gravity="center_vertical" />

                <RadioGroup
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:layout_width="wrap_content"
                    android:orientation="horizontal"
                    android:layout_weight="1"
                    android:id="@+id/timeRadioGroup" >

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="朝"
                        android:id="@+id/timeMorning"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true"
                        android:checked="false" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="昼"
                        android:id="@+id/timeAfternoon"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true"
                        android:checked="true" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="夕方"
                        android:id="@+id/timeEvening"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true"
                        android:checked="false" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="夜"
                        android:id="@+id/timeNight"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true"
                        android:checked="false" />
                </RadioGroup>
            </LinearLayout>

            <LinearLayout
                android:orientation="horizontal"
                android:layout_width="match_parent"
                android:layout_height="wrap_content"
                android:layout_marginLeft="8dp"
                android:layout_marginRight="8dp"
                android:layout_marginTop="0dp"
                android:layout_marginBottom="0dp">

                <TextView
                    android:layout_width="wrap_content"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:text="天候"
                    android:id="@+id/textView"
                    android:layout_gravity="center_vertical" />
                <RadioGroup android:layout_height="wrap_content"
                        android:layout_width="wrap_content" android:orientation="horizontal"
                    android:layout_weight="1"
                    android:id="@+id/weatherRadioGroup">
                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="晴れ"
                        android:id="@+id/weatherSunny"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true"
                        android:checked="true" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="曇り"
                        android:id="@+id/wheatherCloudy"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="雨"
                        android:id="@+id/weatherRainy"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true" />

                    <RadioButton
                        android:layout_width="wrap_content"
                        android:layout_height="wrap_content"
                        android:text="雪"
                        android:id="@+id/weatherSnowy"
                        android:layout_weight="1"
                        android:enabled="true" />
                </RadioGroup>

            </LinearLayout>

            <LinearLayout
                android:orientation="horizontal"
                android:layout_width="match_parent"
                android:layout_height="wrap_content"
                android:layout_marginLeft="8dp"
                android:layout_marginRight="8dp">

                <TextView
                    android:layout_width="wrap_content"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:text="ジャンル"
                    android:id="@+id/textView2"
                    android:layout_gravity="center_vertical" />

                <EditText
                    android:layout_width="match_parent"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:id="@+id/GenreInputView" />
            </LinearLayout>

            <LinearLayout
                android:orientation="horizontal"
                android:layout_width="match_parent"
                android:layout_height="wrap_content"
                android:layout_marginLeft="8dp"
                android:layout_marginRight="8dp">

                <Button
                    android:layout_width="match_parent"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:text="やっぱり前に戻る"
                    android:id="@+id/gotoPrevPlace"
                    android:layout_weight="1"
                    android:enabled="false" />

                <Button
                    android:layout_width="match_parent"
                    android:layout_height="wrap_content"
                    android:text="検索!!"
                    android:id="@+id/buttonCondSubmit"
                    android:layout_weight="1" />
            </LinearLayout>
        </LinearLayout>

    </FrameLayout>

</LinearLayout>

一応。開発環境はAndroid Studio1.1.0 Windows7 Home Premium SP1 RAM 4GB となります。

状況なのですが、個人的に少し調査をしたうえで原因が分からない状態にあります。
該当する処理はCheckMiniPreferenceButtonEnableメソッドで行っています。どちらの場合もこのメソッドを適切な
タイミングで呼び出しており、またPreferenceの値も保持されていることをデバッグにより確認しました。また、
どちらの向きの場合も画面を回転させるまでは正常に動くことを確認しています。

しかし症状発生時の表示結果はラジオスイッチが無効にならないばかりか、現状必ず無効になるはずの「やっぱり前に戻る」
ボタンさえ無効化されない状態にありました。なお、縦横共に対応するViewのidは同じであるようにしており、さらに
アニメーションにおいて同じ状況下(Layoutを動かした)でこの操作が有効であることは確認しています。

すいませんが知識のある方、もし原因が分かりましたら知恵を貸していただけると幸いです。よろしくお願いします。

[spaaaark・∀・]

自己解決しました…。
メインのソースコードを以下のように修正したところ、思うような動作が確認できました。

コード:

package spark.sin.virtualtripv2;
/*中略*/
        if(mIsFirstCreate) {
            if(savedInstanceState == null) startPreference();
        }

        /* その他フラグメントのコミット */{
            getFragmentIfNeeded(SetMiniPreferenceFragment.class, "miniPreference");
            //transaction.add(getID(R.integer.posListUpFragmentID), posListUpFragment);
            //transaction.add(getID(R.integer.conditionFragmentID), conditionFragment);
        }
/*さらに中略*/
    protected void getFragmentIfNeeded(Class<?> manageClass, String name){  // 新規生成したメソッド
        String defName = getStringFromID(R.string.fragment_selectMap);
        FragmentManager manager = getFragmentManager();
        android.app.Fragment fragment;
        if((fragment = manager.findFragmentByTag(defName + "_" + name)) == null) {
            // 初回(生成)
            android.support.v4.app.FragmentTransaction transaction = getSupportFragmentManager().beginTransaction();
            transaction.replace(R.id.MapPreferenceLayout, new SetMiniPreferenceFragment(),
                    defName + "_" + name);
            transaction.commit();
        } else {
            // 2回目以降(再取得)
            // 今は何もしない
        }
    }
}

原因は画面回転時のFragmentの再生成によるものでした。再生成してしまうとどうも新しく情報が作成され、
以前のデータで制御する事ができなくなるようです。
また今回の疑問でtrasactionのaddとreplaceの違いが分かってないことが判明しましたので、頑張って勉強しようと思います…。

なお、今回の原因究明にあたり以下のサイトを参考にしました。
fragmentの作成、再生成について

[Dixq (管理人)]

関係ないですけど、自作関数が大文字から始まってますが、javaは関数名を小文字から始める慣習がありますよ。

[spaaaark・∀・]

関係ないですけど、自作関数が大文字から始まってますが、javaは関数名を小文字から始める慣習がありますよ。

本当ですね…。少し見てみたら確かにシステム関数とかも統一されてました。意識して書きたいと思います。