Poco様
ご指摘の通りでした。
FTP送信用textファイルに"binary"の指定が抜けていました。
つまらないことを伺ってしまいました。ありがとうございました。

Linux上で作成したBinaryファイルをWindowsマシンにFTP転送すると、余計なコードが混入します。 Linux上でTextファイルにして転送すればこのような問題は生じませんが、実行時間の関係からBinaryにせざるを得ません。 異なるCPU同士でBinaryファイルのやり取りをすると１：１にはならないという記述をネット上で見たことがあります。 LinuxマシンのCPUはPowerpc、OSはDebian　Tinyセットです。 long data[3]; int i = 0; if ((fp = fopen("/var/tmp/file.bin", "wb")) == NULL){ ...