返信が遅れて申し訳ありません。
softyaさんが提案して下さった方法でバグの原因を発見することが出来ました。
どうやら敵を生成する時に判定が初期化されておらず、敵を消す判定にすぐに引っかかっていたのが原因のようです。

言葉足らずな質問に真摯に回答して下さって、皆さんありがとうございました。
これからはこまめにexeファイルでも試すようにしたいと思います。