・つまり東方はDxライブラリを使ってないのでしょうか?
Dxライブラリは使われていないと思います。
・Dxライブラリを用いないで作るのと違いは何かあるのでしょうか?
Dxライブラリを用いるとメモリ使用量が大きいです。
過去に「初期化しただけのDxライブラリゲーム」とフリーゲーム「恐怖の森」のメモリ使用量をタスクマネージャで比較してみたことがありますが、およそ2倍の使用量であったと記憶しています。またDxライブラリはすこし動作が重いです。気にならないレベルだと思いますが。
開発のしやすさに関してはDxライブラリを用いたほうがやりやすく、開発効率がよいです。
・私も自らスクリプトエンジンを構築してゲームを作ってみたいのですが、具体的に必要な知識は何でしょうか?
まずはWin32APIの知識が必要になります。
これを学べば、CUI(背景が黒く、文字だけの画面)からGUI(画像表示などいろいろできる)へ進化できます。実際、ブラウザなどほとんどのソフトがWin32PIで作られていると思います。
しかしWin32APIでゲームを作ろうとすると重すぎて話になりません(3Dゲームはほぼ不可能)。
そのため、効率的に画像や3D物体を表示するための DirectX というライブラリが必要になります。これさえあれば2Dだろうが3Dだろうが音ゲだろうがゲームなら何でも作れます。
市販のWindowsゲーム(GTAや東方など)や市販のXboxゲーム、Dxライブラリまでもが内部でDirectXを利用しています。
しかしDirectXを使うためにはグラフィックや数学のベクトルなどといったさまざまな知識が必要とされます。初期化するだけで挫折者が出るほどコーディングも難しいです。
正直、相当なやる気と覚悟がなくては画像1枚表示することすらできないと思います。
なので多少動作が重くなってもDxライブラリを用いたほうが良いかと思います。同じゲームを作るにしても、簡単でバグも出にくいので。