言われた通り、GetWord関数内でlenを最初に宣言した時に初期化するように変えたら上手くいきました！
以前上手くいってたのは、入力した英文の頭に空白があったからのようです。

ありがとうございました。

GetWord関数内において、
入力によっては未初期化の自動変数lenの値が計算に使用されてしまい、未定義動作となります。
例えば、入力の最初の文字が空白などでなかったり、
入力の途中で空白などが2個以上連続せず1個だけ現れた時に、未定義動作となります。
入力にかかわらずlenを初期化してから処理をするようにするといいでしょう。

#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<string.h>
struct node{
   char word[20];
   int kaisu;
   struct node *right;
   struct node *left;
};

 char tango[20];

struct node *insert(struct node *x,char *a)
{
   if(x == NULL){
      x=(struct node *)malloc(sizeof(struct node));
      strcpy(x->word,a);
      x->kaisu = 1;
      x->left = NULL;
      x->right = NULL;
   }
    else if(strcmp(a,x->word)==0)
     x->kaisu += 1;
    else if(strcmp(a,x->word)<0)
     x->left =insert(x->left,a);
    else
     x->right =insert(x->right,a);
    return x;
}

void treeprint(struct node *x)
{
   if(x!=NULL){
      treeprint(x->left);
      printf("%s[%d]\n",x->word,x->kaisu);
      treeprint(x->right);
   }
}

char *GetWord(){
    char a;
    int len;

    a=getchar();
    while(a==' ' || a=='\n' || a=='.' || a=='.' || a=='\'' || a==','){
        a=getchar();
        len=0;
    }
    while(a!=' ' && a!='\n' && a!='.' && a!='.' && a!=','){
        tango[len++]=a;
        a=getchar();
    }
    tango[len]='\0';
    return &tango[0];
}

int main(void)
{
   struct node *root;
   char *g;

   root=NULL;
   g=GetWord();
   while(strcmp(g,"***END***")!=0){
     root=insert(root,g);
     g=GetWord();
   }
   treeprint(root);
   return 0;
}

This is a test file.

This file has two sentences.

***END***

[5]
This[1]
Thisfile[1]
Thisfilehas[1]
Thisfilehastwo[1]
Thisfilehastwosenten[1]

英文を入力すると出てきた単語とその出現回数を表示するプログラムを、二分探索木を使って作っているのですが、どうも上手くいきません。
出力結果がどうしてこうなるのか、どこを直せばいいのか分かりません。
以前Linux環境でやったときは上手くいってたのですが……。データを移すのにドライブを経由したのが悪かったのでしょうか？
今やっているOSはWindows。コンパイラーはgccです。
[code]
#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<string.h>
struct node{
char word[20];
int kaisu;
struct node *right;
struct node *left;
};

char tango[20];

struct node *insert(struct node *x,char *a)
{
if(x == NULL){
x=(struct node *)malloc(sizeof(struct node));
strcpy(x->word,a);
x->kaisu = 1;
x->left = NULL;
x->right = NULL;
}
else if(strcmp(a,x->word)==0)
x->kaisu += 1;
else if(strcmp(a,x->word)<0)
x->left =insert(x->left,a);
else
x->right =insert(x->right,a);
return x;
}

void treeprint(struct node *x)
{
if(x!=NULL){
treeprint(x->left);
printf("%s[%d]\n",x->word,x->kaisu);
treeprint(x->right);
}
}

char *GetWord(){
char a;
int len;

a=getchar();
while(a==' ' || a=='\n' || a=='.' || a=='.' || a=='\'' || a==','){
a=getchar();
len=0;
}
while(a!=' ' && a!='\n' && a!='.' && a!='.' && a!=','){
tango[len++]=a;
a=getchar();
}
tango[len]='\0';
return &tango[0];
}

int main(void)
{
struct node *root;
char *g;

root=NULL;
g=GetWord();
while(strcmp(g,"***END***")!=0){
root=insert(root,g);
g=GetWord();
}
treeprint(root);
return 0;
}
[/code]
入力した英文は
[code]
This is a test file.

This file has two sentences.

***END***
[/code]
そして結果が
[code]
[5]
This[1]
Thisfile[1]
Thisfilehas[1]
Thisfilehastwo[1]
Thisfilehastwosenten[1]
[/code]
となってしまいます。