無事出力できました．。
詳しいご回答ありがとうございます。

float型がIEEE754 32ビット浮動小数点型の場合、有効桁数は10進数で7桁程度しかなく、丸めによる誤差が発生します。
改善するには、かわりにdouble型を使ってみてください。
double型のデータをfscanfで読み込むには、書式%lfが使えます。

 

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <math.h>

int main(void) {
	FILE *f; // FILE型構造体
	FILE *h;
	FILE *result;
	int i = 1,n = 0;
	float x,y,data,data2;
		
	f = fopen("kadai.txt", "r"); // ファイルを開く。
	h = fopen("kadai2.txt", "r");
	result = fopen("result.txt","w");
	 
	while(fscanf(f,"%f",&data) != EOF		 
		  && fscanf(h,"%f",&data2) != EOF
		  ){

	  fprintf(result,"%0.14f %0.14f\n",data,data2);

}
	fclose(f); // ファイルを閉じる
	fclose(h);
	fclose(result);
	return 0;
}

ファイルの入出力について

二つのファイルを比較し計算するというプログラムを作ってるうえで、確認のためファイルの内容がそのまま書き出せているかどうかfprintf()で確かめていたところで起きた問題です。

二つのファイルを上から順に読み込み、一つのファイルに書き込むというプログラムを作成しました。
しかし、読み込んだファイル(kadai.txtとkadai2.txt)の数値と書き込んだファイル(result.txt)の内容が一致しません。
また、Ctrl+fでファイル内の検索を行っても一致した値がありません。

なぜ違う値が出力されるのでしょうか？

以下に実際の値の例を載せます。

[result.txt] [kadai.txt] [kadai2.txt]
4.99998998641968 4.99998998641968 4.99999009915671 4.99998990015611
4.99996089935303 4.99995994567871 4.99996078952758 4.99995999352302
4.99991226196289 4.99991035461426 4.99991206760234 4.99991027658406

[code]

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <math.h>

int main(void) {
FILE *f; // FILE型構造体
FILE *h;
FILE *result;
int i = 1,n = 0;
float x,y,data,data2;

f = fopen("kadai.txt", "r"); // ファイルを開く。
h = fopen("kadai2.txt", "r");
result = fopen("result.txt","w");

while(fscanf(f,"%f",&data) != EOF
&& fscanf(h,"%f",&data2) != EOF
){

fprintf(result,"%0.14f %0.14f\n",data,data2);

}
fclose(f); // ファイルを閉じる
fclose(h);
fclose(result);
return 0;
}


[/code]