http://dixq.net/forum/viewtopic.php?f=3&t=14215を見ていて，System.IO.ZipArchive zipped only UTF-8 encoding | Microsoft Connectを思い出しました。

• ZIPファイルの元々の規格には，Character Encodingを指定する場所がない
• UTF-8フラグはあるもののWindows Explorer側が非対応
• .NET 4.5の初期のPreviewにZIPアーカイブを作るクラスが入ったけど，ファイル名がUTF-8で入ってしまう
• MSMVPの亀川さんがConnectに投稿したけれども理解して貰うのに一苦労
• 最終的に，
  • Encodingを引数にとるコンストラクタが追加された
  • Windows 7/Server 2008 R2でUTF-8対応のパッチが提供された (Windows 8/Server 2012以降は標準サポート)

と，日本語を含むZIPファイルは色々とややこしい面があったりします。
文字化けまわりはこれが原因かな，と。

UbuntuでもJapanese Teamの追加パッケージにZIPの日本語対応が含まれているのでUbuntuで解凍したら文字化けしなかったというのも偶然のような気がします。