「ビルドから除外されたソースのコンパイル - C・C++ - 教えて！goo」
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/8141031.html

> （なぜそんなに大量のcppが必要なのかというのはここでは置いといてください）
毎回全コンパイルに近い動作をすること自体が気になります。

> （１）ある一定数のソースファイルのプロパティで「ビルドから除外」とする。
最悪の選択です。

プロジェクトを複数モジュールに分離して・・・
とか、
プリコンパイル済みヘッダを利用して・・・
とか、
リビルド時間を短縮するためソース間の依存関係を減らして・・・

というような、質問の内容を超える回答はご遠慮ください。
そのようなことは、十分ではないかも知れませんが検討済みです。

(ﾟ∀ﾟ ；)
何のために依存関係から自動ビルドされているのか、逆らって裏道を探し過ぎです。

cppファイルをインクルードするという発想をするひとはもともとソースファイルの依存関係に無頓着でしょうね。
中身ももともとソースファイル1個のものを無理矢理1000個に分けたようなものじゃないかと想像します。

どのみちビルド時間を短縮できたからどうなんだって話ですよね。