私は、Adobe Readerをアンインストールしました。
まず、Firefoxでpdfを開いたとき、最初はきちんとFoxit Readerで見られていたのに、
Adobe Readerをアップデートしようとした時からか、強制的にAdobe Readerが開くようになって嫌だったからです。
次に、Adobe Readerが高い確率でアップデートに失敗し、不快だったからです。
そして、CS2無料化(嘘)で有名な、Adobeと同じ名前がついているのが気に入らないからです。

まず、代わりとなるpdfのアイコンを探しました。
ICON HOIHOIのアイコンを使用することにし、
ダウンロードしたあとGIMPでアイコンだけ切り抜いたあと拡大縮小し、@ICON変換でアイコンにしました。

そして、Adobe Readerをアンインストール。

アンインストール直後、エクスプローラのpdfのアイコンの表示が壊れたものになりました。
レジストリエディタで、アイコンを先ほど作ったものに書き換えても、すぐには直りませんでした。
そこで、いじくるつくーるの「シェルの更新を促す」機能を使用したところ、アイコンがきちんと反映されました。

この状態でFirefoxでpdfを開こうとすると、フリーズしました。
Firefoxを強制終了、再起動したあとオプションを開くと、pdfの扱いが「毎回確認する」となっていたので、
「Foxit Reader Plugin for Mozillaを使用(Firefox内で表示)」に設定し直しました。
この状態でpdfファイルを開こうとすると、きちんとFoxit Readerを使用してFirefoxのウィンドウ内で表示できました。

もちろん、
[search=google]Adobe Reader が必要です[/search]
とかいう大嘘が書いてあるサイトのpdfもきちんと読めます。
例えば
http://www.kyocera.co.jp/prdct/telecom/ ... /download/
http://shimoina.jrc.or.jp/?cat=6
http://www.kinkos.co.jp/sales/template.html
http://www.kanuma-kanko.jp/kmap.shtml
http://www.city.settsu.osaka.jp/0000002730.html
などのような嘘つきのサイトのpdfでも、全く問題なく読めます。
（もしかしたら対策されていて本当に読めないサイトがあるかもしれませんが）

日本工業標準調査会(JISC)サイトのJIS文書も見れます？

白紙ですね。
>（もしかしたら対策されていて本当に読めないサイトがあるかもしれませんが）
に該当するようです。
まあ、前Adobe Reader Xでも見られなかった気がするし、全然使わないので無視ですね。